Vivió en Colombia hasta los 8 años. En su tierra natal formó parte de las divisiones menores del Deportivo Cali. En el Perú hizo lo propio en las inferiores del Centro Iqueño, Deportivo Zúñiga, Cantolao y Circolo Sportivo Italiano. En el 2006 pasó al Coronel Bolognesi de Tacna, debutando en la profesional ese mismo año frente a Sporting Cristal. Al año siguiente fue campeón del Torneo Clausura 2007 con el cuadro tacneño. Ello le dio derecho al Bolognesi a disputar la Copa Libertadores 2008, en donde Barros jugó pocos minutos. Fue el goleador de su equipo en el Clausura 2008 con 9 tantos.

Las calles de Barranquilla, Colombia fueron testigos de los inicios de Juan José desde muy chico. A los cuatro o cinco años jugaba en su barrio y le fui agarrando el gusto al deporte. Sus padres Alexis y Claudia, ambos también nativos del país 'cafetero', lo apoyaron en todo momento. Fue el principal pilar para que Juan José salga adelante en sus objetivos. También tiene motivos para ser el nexo entre ambas naciones hermanas. Sus dos hermanas colombianas, Alejandra de 19 y Diana de 17, y su hermano peruano Alexis de nueve años. En el colegio, el pequeño barranquillero jugó básquet, atletismo y beísbol, pasión de multitudes al igual que el fútbol en la Costa Caribe donde vivió Juan José. Inclusive pudo mostrar su juego en el AELU. Pero por el poco apoyo que tiene ese deporte en el Perú, desistió en practicarlo de forma profesional. A punto de cumplir ocho años, Juan José tuvo que dejar su tierra natal porque su padre, que es economista, fue trasladado de su trabajo a nuestro país. Se instalaron en Lima desde 1997 hasta el 2006, cuando se mudo a Tacna para jugar fútbol. Actualmente Juan José asume la responsabilidad de vivir solo en el Perú y lo complicado de tener alejada la familia porque, anecdóticamente, a principio del presente año trasladaron a su padre a Colombia. Aunque para él es algo que tuvo que afrontar desde los 16 años al mudarse a Tacna. Son sacrificios y situaciones que uno debe afrontar para salir adelante. Juan José sabe que si quiere cosas grandes a veces se tiene que estar lejos de la familia.

Tito Chumpitaz (Ex seleccionador nacional Sub-20) "Juan José tiene grandes atributos no sólo deportivos. Es un gran profesional y persona. Es un jugador que tiene gol y rápido. Le va hacer bien salir al extranjero. El hizo muy bien las cosas en la Sub-20. Como persona es espectacular. Hizo dos goles en el Sudamericano y pudo dar más. Ello se sumará para su experiencia y formación. Es un joven que va dar que hablar." Roberto Mosquera (Técnico de Coronel Bolognesi) "Juan José me deja una gran impresión como futbolista y persona. Es un delantero veloz, potente y está dotado técnicamente. Para mí es un jugador de exportación. Tiene una gran carrera por delante. Tiene dos años en el club como profesional y con madurez y experiencia lo hará un gran profesional."

Juan Barros tras fichar por el 1860 Munich: "Estoy muy satisfecho de comenzar una nueva etapa" Munich (Delgol.com).- Tras fichar por el 1860 Munich de Alemania, el delantero peruano Juan José Barros declaró en exclusiva a Delgol.com que se encontraba "muy satisfecho" de comenzar una nueva etapa en un histórico club europeo. "Estoy muy satisfecho por el trabajo desarrollado en el Bolognesi, Universitario, en la selección nacional y por el esfuerzo que he realizado este último tiempo en Alemania", dijo Barros vía telefónica a Delgol.com, su portal oficial en Internet. "Tengo la satisfacción de comenzar una nueva etapa en un histórico club alemán como es el 1860 Munich", manifestó el joven delantero peruano. Asimismo, Barros agradeció la gestión del club Bolognesi de Tacna, que facilitó su fichaje al 1860 Munich, y a los dirigentes junto al técnico del club alemán, Reiner Maurer, por haberse fijado en él y haberlo solicitado. "Estoy muy emocionado con todo ésto. Después de un buen tiempo de diferentes situaciones e impresiones, he llegado a un buen club", concluyó.